Como root vamos a la carpeta /usr/share/themes y nos metemos dentro de la carpeta del theme (Ambiance o Radiance) que querramos modificar. Ahi dentro editamos el archivo gtkrc dentro de la carpeta gtkrc-2.0 y buscamos la siguiente linea:
bg_pixmap[NORMAL] = “panel_bg.png”
Le agregamos delante el caracter #, es decir la comentamos tal como:
# bg_pixmap[NORMAL] = “panel_bg.png”
Guardamos y listo. con esa modificación ya no se asocia la imagen “panel_bg.png” al panel, que es la culpable de que se muestre mal, cuando se cambia el tamaño, se elige la opcion de mostrar de manera transparente o se pone en disposición vertical.